Моделирование фармакофора на основе структуры мишени методами, использующими наборы зондов

В обзоре рассмотрены общие аспекты и этапы моделирования фармакофоров — совокупностей стерических и электронных особенностей, или фармакофорных характеристик, необходимых для взаимодействий лиганда с мишенью, — с ориентацией на фармакофоры, построенные на основе структуры мишени. Систематизированы подходы к классификации методов моделирования таких фармакофоров. Отдельное внимание уделено методам, использующим наборы зондов, или пробных фрагментов, — атомов, ионов, молекул или их фрагментов, представляющих один или несколько типов взаимодействий мишень—лиганд и предназначенных для картирования пространства мишени, поиска предпочтительных точек связывания и описания фармакофорных характеристик. Такие методы учитывают одновременно химические, геометрические и энергетические аспекты определения фармакофорных характеристик, имеют высокую интерпретируемость и простоту использования, а также позволяют построить альтернативные варианты фармакофоров, если одной модели недостаточно или ее анализ не принес результатов.
Рассмотрены проблемы и перспективы сравнения методов между собой, подходов к их апробации и валидации. Выявлены проблемы нехватки единых критериев сравнения как с помощью стандартизированных наборов мишеней, так и на основе химических структур используемых зондов.